Фамилия Якайтис — это пример того, как литовское происхождение становится очевидным уже по суффиксу. Окончание -айтис (-aitis) — один из самых распространённых патронимических суффиксов в литовской ономастике. Он указывает на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — Якайт- (Jakait-), которая восходит к личному имени или прозвищу Якас (Jakas) — литовской форме имени Яков или Иаков. Таким образом, Якайтис буквально означает «сын Якаса», то есть потомок человека по имени Якас.

Фамилии с суффиксом -айтис исторически были особенно характерны для северо-западных регионов Литвы — Жемайтии и Аукштайтии. В XIX веке, после отмены крепостного права, литовские крестьяне активно закрепляли за собой фамилии, и патронимические модели на -айтис стали массовыми. Носитель фамилии Якайтис, скорее всего, происходил из крестьянского сословия, а его предки жили оседло в одной из литовских деревень.

В русском языке фамилия сохранила литовское окончание без адаптации, что отличает её от фамилий, русифицированных через суффиксы -ов/-ев (как Якайтисов). Такое написание — прямое свидетельство того, что фамилия закрепилась в документах уже в литовской форме, вероятно, в период, когда территории бывшего Великого княжества Литовского входили в состав Российской империи. Встречаются варианты написания Якайтис и Якайтс, но первый считается более точным с точки зрения литовской орфографии.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Якаускас, Якштас) показывает, что Якайтис — один из вариантов, образованных от той же основы, но с другим патронимическим суффиксом. Встречаемость фамилии невысока, она локализована в основном в Литве и среди потомков литовских эмигрантов. В современной России носители Якайтис — это, как правило, потомки литовцев, переселившихся в разные регионы в XIX–XX веках.