Фамилия Яндубаева — женская форма фамилии Яндубаев, и её разбор стоит начать с корня, который сразу выдаёт нерусское происхождение. Основа «Яндубай» — это составное тюркское имя, где первая часть «ян» (душа) или «яны» (новый), а вторая «бай» (богатый, хозяин, господин). Таким образом, имя Яндубай можно перевести как «новая душа» или «новый богач», но в тюркской антропонимике «бай» чаще указывало на статус или пожелание богатства, а не на буквальное значение. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на согласный (Яндубай → Яндубаев). Это типичный случай, когда тюркское личное имя стало фамилией после вхождения народов Поволжья и Урала в состав Российского государства.

Географически фамилия Яндубаев (и Яндубаева) наиболее характерна для башкир и татар. Встречается она в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически жили башкирские роды. В башкирском языке имя Яндубай фиксируется в шежере (родословных) и ономастических справочниках как одно из традиционных мужских имён. Интересно, что в некоторых говорах «ян» может означать «сторона» или «бок», тогда имя Яндубай могло получить значение «богатый с определённой стороны» — но это уже менее надёжная версия.

Среди носителей фамилии нет широко известных публичных фигур, что говорит о её преимущественно сельском происхождении. Предки современных Яндубаевых, скорее всего, были крестьянами или скотоводами в башкирских или татарских деревнях, а фамилию получили по имени основателя рода — некоего Яндубая, жившего, вероятно, в XVII–XVIII веках. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии, эта фамилия — прямое наследие доисламского тюркского имясловия, где имя давалось с пожеланием удачи и достатка.