Фамилия Яндубаев — редкий пример, где географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачная этимология. Она почти наверняка имеет тюркское или кавказское происхождение, а её носители, скорее всего, ведут род из районов, где исторически смешивались башкирские, татарские и казахские языки.

Разбор основы показывает два возможных корня. Первый — имя Яндубай. В тюркских языках «ян» может означать «душа» или «сторона», а «бай» — «богач», «хозяин», «господин». Таким образом, Яндубай — это «богатый душой» или «господин с душой», типичное составное имя-пожелание, которое давали мальчикам, чтобы привлечь к ним удачу и благополучие. Вторая, более спорная версия, связывает фамилию с топонимом Яндубай — так мог называться аул или урочище, откуда пошёл род. В таком случае фамилия указывала на место жительства предка.

Суффикс «-ев» указывает на русский способ оформления фамилии, который в XIX–XX веках закрепился у многих нерусских народов, входивших в состав империи. Первоначально форма звучала бы как «Яндубаев сын» или просто «Яндубай», а затем, при записи в метрики или паспорта, получила стандартное русское окончание. Это типично для башкирских и татарских фамилий, которые адаптировали к русской грамматике.

Примечательно, что фамилия почти не встречается за пределами нескольких регионов — в основном в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это говорит о том, что род был довольно оседлым и не разбрасывал ветви по всей стране. Сословно предки Яндубаевых, скорее всего, относились к башкирам-вотчинникам или государственным крестьянам, реже — к тептярям, то есть к плательщикам ясака, которые не входили в военное сословие, но имели земельные наделы.

В отличие от многих фамилий на «-ов», у Яндубаева нет очевидной связи с ремеслом или профессией. Это чисто патронимическая фамилия, образованная от личного имени, которое в XIX веке уже вышло из активного употребления. Сегодня она сохраняет память о доисламском тюркском имени, в основе которого лежит пожелание душевного богатства, а не материального.