Фамилия Янкубаев — редкий пример, где географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачность корня. Почти наверняка её основа — тюркское мужское имя Янкубай. Оно составное: первая часть «ян» восходит к «джан» (душа, дорогой) или к «янгы» (новый), а вторая — «кубай» — вариант имени Кубай, которое связывают с арабским «кубба» (купол, возвышение) или тюркским «куба» (бледный, светлый). В любом случае перед нами сложносоставное имя-пожелание, типичное для башкирской, татарской и казахской антропонимии.

Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий у тюркских народов в XIX — начале XX века. Первоначально отчество Янкубаев означало «сын Янкубая». Фамилия закрепилась в среде башкир и татар, о чём говорят данные переписей: основная масса Янкубаевых живёт в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях. Встречается она и у казахов, но реже — у них продуктивнее суффикс -улы/-кызы.

Интересно, что имя Янкубай не зафиксировано в массовых дореволюционных метрических книгах как популярное — оно скорее локальное, диалектное. Это значит, что фамилия могла возникнуть в одном-двух селениях и распространиться оттуда. В отличие от фамилий на -ов/-ев от общеупотребительных имён (Ахметов, Ибрагимов), Янкубаев сохраняет связь с конкретным родом, а не с целым народом.

Если сравнивать с однокоренными, то Янкубаев стоит в одном ряду с Янбаевым, Янгуразовым, Янсаитовым — все они образованы от имён с элементом ян- и распространены на Южном Урале. В русской среде фамилия не встречается: это чисто тюркская по происхождению, но оформленная по русской грамматической модели.