Фамилия Янубаева — яркий пример того, как имя, попавшее в русскую среду, обрастает типичным для неё суффиксом. В основе лежит имя Янубай, которое в свою очередь составное. Первая часть, Ян, — это тюркская форма имени Иван (Йоханнан), широко распространённая у многих народов. Вторая часть, бай, в тюркских языках означает «господин», «богач», «хозяин». Таким образом, Янубай дословно переводится как «господин Ян» или «богатый Ян». Это типичная модель для татарских, башкирских, казахских и других тюркских имён, где к заимствованному имени добавляли социально значимый компонент.

Фамилию образовали по русской патронимической модели: к основе Янубай добавили суффикс -ев, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Янубаев). Окончание -а — это форма женского рода. Изначально Янубаева — это «дочь (или жена) Янубая». Мужской вариант фамилии — Янубаев.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где исторически сильны татарские и башкирские корни. Встречается также у казахов и других тюркоязычных народов, но именно в русской записи с суффиксом -ев она закрепилась в среде, где происходила активная русификация документов в XIX-XX веках. Носительницы фамилии — потомки человека по имени Янубай, который, скорее всего, был незнатным, но уважаемым в своей общине человеком, если судить по значению его имени.