Фамилия Якубаева — женская форма фамилии Якубаев, и её происхождение напрямую связано с мужским именем Якуб. Это арабское имя, библейский Иаков, которое через тюркские языки вошло в обиход многих народов России. В отличие от славянских фамилий на -ов, образованных от Яков, здесь мы видим тюркский вариант имени с усечением конечного согласного, что типично для башкирской, татарской, казахской и других тюркских ономастических традиций.

Модель образования проста: к имени Якуб (или его тюркской форме Якуп) добавили патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Якуба». В русской традиции такой суффикс обычно передаёт славянское происхождение, но в данном случае он наложился на тюркскую основу, что характерно для фамилий, возникших в среде татарских и башкирских мурз, князей или простых крестьян, которые в XIX веке при переписях получали русские окончания. Форма Якубаева — женский вариант, который в официальных документах стал фиксироваться как самостоятельная фамилия лишь в советское время.

Интересная деталь: в некоторых говорах и диалектах имя Якуб могло звучать как Якуба, с гласной на конце. Тогда фамилия Якубаев могла образоваться не напрямую от имени, а от прозвища Якуба — так могли называть человека, который постоянно упоминал это имя или был сыном уважаемого Якуба. В таком случае суффикс -ев указывает на отчество от прозвища, а не от канонического имени.

Регионально фамилия Якубаева чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, а также среди казахов, живущих в приграничных с Россией областях. Встречаемость её невысока, что говорит о локальном распространении — возможно, в одном-двух родах, где имя Якуб было особенно популярно. Сословно предки могли быть как из служилых татар (например, толмачи или воины), так и из крестьян-тептярей, но точных данных без генеалогического поиска по конкретному региону нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Якупов, Якубов, Якубович — показывает, что Якубаев стоит особняком. Если Якупов — самая распространённая форма у татар, а Якубов — у народов Кавказа, то вариант на -аев тяготеет к башкирской традиции, где часто встречаются фамилии вроде Ишмухаметаев, Ахметаев. Таким образом, носительница фамилии Якубаева с высокой вероятностью происходит из башкирского рода, где имя Якуб передавалось из поколения в поколение, а фамилия закрепилась в документах XIX века.