Фамилия Якубан звучит нестандартно для русского уха: привычнее видеть Якубов или Якубович. Её редкость — в суффиксе -ан, который в восточнославянской ономастике встречается нечасто. В основе лежит имя Якуб, арабская и тюркская форма библейского Иакова (в русской традиции — Яков). Имя означает «следующий», «идущий по пятам» — в библейском сюжете Иаков родился, держась за пятку брата-близнеца Исава.

Суффикс -ан в фамилиях может указывать на два источника. Первый — украинское или белорусское происхождение: в этих языках -ан нередко заменяет русское -ов, давая фамилии вроде Якубан (сравните: Степан → Степанюк, но и просто Степан). Второй — польское влияние: в польском языке суффикс -an образует фамилии от имён (Jakuban, Michałan). То есть Якубан — это, скорее всего, «сын Якуба» или «человек Якуба», но оформленный не по московскому, а по западнорусскому или польскому образцу.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой. В современных базах данных Якубан чаще всего встречается на западе Украины (Волынь, Галиция), реже — в Польше и Беларуси. В России она редка и, как правило, принесена миграцией из этих земель в XIX–XX веках.

Есть и альтернативное объяснение: в некоторых тюркских языках «якубан» могло быть прозвищем, образованным от глагола со значением «собирать», «копить». Но это гипотеза без серьёзной опоры в источниках — большинство носителей фамилии славяне, а тюркские параллели единичны. Поэтому основная версия остаётся западнославянской: Якубан — это «маленький Якуб» или «Якубов сын» на местный лад.

Социально фамилия не несёт сословной окраски. Её носили крестьяне, мещане и мелкая шляхта. В документах XVIII–XIX веков Якубаны фигурируют как хлеборобы и ремесленники в местечках Подолья и Волыни. В дворянские гербовники она не попала, что тоже говорит о её «простонародном» корне.