Фамилия Якубанеца — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью сохраняет исходное западнославянское звучание. Перед нами не привычная русская фамилия с типовым суффиксом, а белорусская или польская форма, которая застыла в документах почти без изменений. Чтобы понять её происхождение, достаточно посмотреть на основу и окончание.

В центре фамилии лежит имя Якуб (польский и белорусский вариант библейского Иаков, то есть Яков). Суффикс -ец (в белорусской традиции — -эц) указывает на принадлежность или происхождение: «Якубанец» буквально значит «сын Якуба» или «человек из рода Якуба». Финальное -а — это окончание родительного падежа в белорусском языке. Полная форма Якубанеца — это не именительный падеж (как у русских фамилий на -ов), а застывшая форма родительного: «(из) Якубанца» или «(сын) Якубанца». В русской среде такое окончание могли воспринять как часть основы, и в паспортах фамилия закрепилась именно в этой грамматической форме.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Беларуси и восточной Польше (Подляшье, Гродненщина). Там формы на -ец и -анец встречаются часто: скажем, Ковалец, Романец, Степанец. Якубанеца — вариант того же ряда. В польском языке аналогичная фамилия звучала бы как Jakubaniec, и в документах Российской империи её часто записывали на слух, сохраняя белорусское окончание.

С точки зрения социального статуса, носители такой фамилии — скорее всего, крестьяне или мелкая шляхта. В Великом княжестве Литовском и later в Речи Посполитой прозвания с суффиксом -ец были распространены среди простого люда, но иногда встречались и у обедневших дворян, потерявших родовое прозвище. Однако сословная принадлежность конкретного рода Якубанецов остаётся открытым вопросом — архивные данные по этой фамилии не собраны в единый справочник.

Отдельно стоит сказать о написании. В русских метрических книгах XIX века фамилию могли записывать как Якубанец (без -а на конце) или Якубонец, через «о». Форма Якубанеца — результат того, что носитель фамилии или писарь последовательно употреблял её в родительном падеже, и со временем это стало официальным вариантом. Подобная история произошла, к примеру, с фамилией Шевченко, но там усечение коснулось суффикса, а здесь — падежного окончания.

Если искать однокоренные параллели, то ближайшие «родственники» — фамилии Якубов, Якубовский, Якубчик, Якубец. Все они восходят к одному источнику — имени Якуб. Но Якубанеца выделяется именно своей грамматической архаичностью: она сохранила ту форму, которая в других языках давно исчезла или переоформилась в стандартные фамильные суффиксы.