Фамилия Янсубаева образована от мужского имени Янсубай, которое состоит из двух тюркских корней: «ян» (душа) и «субай» (военачальник, предводитель). В буквальном смысле имя Янсубай можно перевести как «душа-воин» или «душевный предводитель». Это составное имя типично для башкирской и татарской антропонимии, где часто соединяли понятия духовного и военного начал.

Фамилия имеет ярко выраженную региональную привязку. Подавляющее большинство носителей фамилии Янсубаевы (и её мужской формы Янсубаев) сосредоточено в Башкортостане и в прилегающих районах Оренбургской и Челябинской областей. Это объясняется тем, что имя Янсубай было распространено именно у башкир, реже у татар. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на -й (Янсубай → Янсубаев), что типично для адаптации тюркских имён в русской документации.

В отличие от многих фамилий, которые могли возникнуть от прозвищ или профессий, Янсубаева — это чисто патронимическая фамилия, то есть напрямую указывающая на имя отца или деда. В среде башкирских родов имя Янсубай могло даваться ребёнку с пожеланием, чтобы он сочетал в себе душевную теплоту и лидерские качества. Со временем это личное имя закрепилось как фамильное, и сегодня оно встречается почти исключительно у башкир.

Фамилия не имеет вариантов с суффиксом -ин (Янсубай → Янсубаин), хотя для тюркских имён на -й это было бы менее характерно. Форма Янсубаева — женская, мужская — Янсубаев. Встречается также написание с буквой «ы» после «я» (Янсыбаева), но это скорее диалектное или канцелярское искажение, не меняющее корневого значения.