Фамилия Якуббаев — яркий пример тюрко-исламской модели образования фамилий, характерной для народов Средней Азии, Кавказа и Поволжья. В основе лежит арабское имя Якуб (араб. يعقوب), библейский Иаков, которое у мусульман ассоциируется с пророком Якубом. В тюркских языках к этому имени добавили компонент «бай» — «богатый», «господин», «хозяин». Получается Якуббай — «богатый Якуб», «господин Якуб». Встречается и вариант Якупбай, что фонетически точно отражает тюркское произношение.

Русский суффикс -ев (после твердого согласного — -ов) присоединился к основе Якуббай, чтобы создать фамилию по привычной для Российской империи модели. Так из осетинского или карачаево-балкарского имени Якуббай (или из татарского Якупбай) появился Якуббаев. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Якуббая», «из рода Якуббая». Двойное «б» в написании — не опечатка, а точная передача тюркского произношения, где имя и титул слились: Якуб-бай.

Географически фамилия Якуббаев встречается у осетин (особенно дигорцев), карачаевцев, балкарцев, а также у татар и башкир. Среди осетин она может быть русифицированной формой осетинской фамилии Якуббаты (где -ты — осетинский патронимический суффикс). Если предок был влиятельным человеком, его прозвали «баем» — не обязательно миллионером, скорее зажиточным хозяином или старостой.

Однокоренные фамилии — Якубов, Якупов, Якубович, Якубенко — все восходят к тому же имени Якуб, но без титула «бай». Якуббаев стоит особняком: он сохранил социальную характеристику предка. Спорных версий здесь нет: арабское имя + тюркский титул + русский суффикс — цепочка прозрачная. Единственный нюанс — возможное чередование Якуббаев/Якупбаев, зависящее от местного диалекта (оглушение «б» в «п»).