Фамилия Якубба стоит особняком в русском ономастиконе. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а основа читается как иноязычная. Перед нами не патроним (сын Якуба), а прямая, почти нетронутая форма личного имени, которая закрепилась за целым родом. Якубба — это восточный или кавказский вариант библейского имени Иаков (Якуб), но с двойным «б» и конечным «а», что характерно для тюркских языков, азербайджанского, татарского или кумыкского. В этих языках имя Ягуб (Yaqub) при записи кириллицей могло получить огласовку «Якубба» как результат аканья или просторечного произношения.

По модели образования фамилия относится к так называемым «застывшим» именам, которые перешли в фамилии без добавления суффикса. Этот тип распространен у народов Северного Кавказа, в крымско-татарской и тюркской среде (ср. фамилии Абба, Мусса, Иса). В русской среде такие фамилии — редкость, и их появление почти всегда указывает на недавнюю миграцию предков из регионов с сильным исламским влиянием. В отличие от русских фамилий, где Якубов — это «сын Якуба», Якубба — это сам Якуб, то есть родоначальник, которого звали именно так, без уменьшительных форм.

География бытования фамилии узкая. Судя по данным современных поисковых систем и архивов, основная масса носителей Якубба сосредоточена в Краснодарском крае и Адыгее, а также встречается в Азербайджане. Это наводит на мысль о связи с горскими евреями (татами) или азербайджанцами, у которых имя Якуб широко распространено, а окончание «-а» могло закрепиться при русификации документов в XIX–XX веках.

Социальный контекст прост: предки носителя фамилии, скорее всего, не были дворянами или купцами. Фамилия не жалованная, а бытовая — она возникла в общине, где человека называли по имени отца или по собственному имени, и это прозвище перешло в официальный документ при переписи или паспортизации. Никакой тайны в двойном «б» нет: это просто фонетическая запись твердого произношения имени, которое в арабском и тюркском звучит с напряженным, долгим согласным.