Фамилия Яндугунов — редкая и структурно необычная для русского ономастикона. В ней сразу три элемента, которые заставляют задуматься: основа «Яндугун», суффикс принадлежности -ов и ударение, которое чаще всего падает на последний слог. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать корень, а он, скорее всего, не славянский.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них «ян» означает «душа», «сторона» или является частью сложных имён. Вторая часть — «дугун» или «тугун» — может восходить к слову со значением «узел», «связка», «род» или же к личному имени Дугун (встречается у башкир, татар). Таким образом, Яндугун могло быть составным личным именем или прозвищем вроде «родственная душа» или «человек со стороны рода». Суффикс -ов указывает на то, что фамилия русифицировалась в среде, где говорили по-русски, — скорее всего, в крещёных тюркских родах (чуваши, татары-мишари, башкиры) или у калмыков, где тоже есть похожие антропонимы.

География фамилии подтверждает эту версию. Яндугуновы встречаются в Поволжье (особенно в Оренбургской области, Башкортостане) и на Урале. Это регионы, где веками жили тюркские народы, а после христианизации их фамилии записывали на русский лад. Есть и альтернативная, но слабая гипотеза: что корень «янду» — это искажённое монгольское «яндаг» (козлёнок) или калмыцкое имя Янду. Однако в таком случае логичнее была бы фамилия Яндагов или Яндуков, а не Яндугунов. Форма с «гун» указывает именно на двусоставное имя.

Модель образования фамилии — патронимическая, то есть «сын Яндугуна». Это типично для русских фамилий, но сама основа не встречается в древнерусских именословах. Скорее всего, предок носителя фамилии был крещён, но получил фамилию по дохристианскому родовому имени, которое сохранили в документах. Социальный контекст: Яндугуновы, вероятно, относились к государственным крестьянам или казакам (в Оренбургском крае много казачьих родов с тюркскими корнями). Дворян среди них не отмечено — фамилия слишком «простая» по суффиксу и не попала в родословные книги.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «г»: в тюркских языках она могла звучать как гортанный звук, близкий к украинскому «г», но при записи в русских метриках её закрепили как обычную «г». Встречается вариант Яндуганов (с ударением на второй слог), но это, скорее всего, описка писаря. Таким образом, Яндугунов — это фамилия-свидетельство ассимиляции: тюркское имя, обрусевшее через суффикс и ставшее русским по форме, но сохранившее память о кочевых или полукочевых предках из Поволжья.