Фамилия Яндуганов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не тюркская, а финно-угорская, точнее, марийская. Это сразу отличает её от множества фамилий на -ганов, которые обычно восходят к тюркским именам вроде Янган или Янганай. В фамилии Яндуганов мы видим корень «янду», который напрямую связан с марийским словом «яндыш» — «рубаха», «сорочка». Суффикс -ган в марийском языке — частый именной показатель, образующий прозвища по предмету или действию. Таким образом, Яндуган — это «рубашечник», то есть человек, который либо шил рубахи, либо носил их как-то особенно, либо получил прозвище по этой детали одежды. Русский суффикс -ов добавился уже при оформлении фамилии по общерусскому образцу: «чей?» — Яндуганов.

География фамилии подтверждает эту версию. Основная масса Яндугановых исторически сосредоточена на территории Марий Эл и в соседних районах Кировской области и Татарстана. В марийской ономастике известны и другие фамилии от названий одежды, например, Шабердины (от «шабыр» — кафтан) или Тувыкины (от «тувыр» — платье). Такая прозрачная связь с бытовым предметом — сильный аргумент в пользу марийского происхождения, а не случайного совпадения с тюркскими корнями.

Версия о тюркском происхождении от имени Янду (якобы «душа» или «новый») выглядит слабее: в тюркских языках нет устойчивого имени с таким звучанием, а суффикс -ган там обычно образует причастия, а не прозвища от предметов. Поэтому, если ваши предки Яндугановы, с высокой вероятностью они были марийцами, и родоначальник фамилии носил прозвище, связанное с шитьём или рубахой. Фамилия недворянская, крестьянская, и её носители, скорее всего, были ремесленниками или просто людьми, которых выделили по характерной одежде.