Фамилия Янтуганова — одна из тех, что сразу выдают тюркские корни носителя. Её основа — мужское имя Янтуган, а суффикс -ов/-ева указывает на типичную для русской традиции форму притяжательного прилагательного: «чей?» — Янтуганов, то есть сын или потомок Янтугана. В женском роде фамилия закрепилась как Янтуганова.

Имя Янтуган — составное, из двух тюркских корней. Первая часть «ян» (йан) в тюркских языках может означать «сторона», «бок», а в переносном смысле — «душа». Вторая часть «туган» — «рождённый», «родной». В сумме наиболее вероятное значение — «родная душа» или «рождённый с душой». Есть и другая версия: «ян» как «новый» (в некоторых диалектах), тогда имя трактуется как «новорождённый». Однако в ономастике более убедительной считается первая трактовка — имена с компонентом «туган» («рождённый», «родной») широко распространены у башкир, татар и казахов: Туганов, Туганбаев, Янтуганов.

Географически фамилия Янтуганова чаще всего встречается в Башкортостане и соседних регионах — Оренбургской, Челябинской областях. Это подтверждает башкирское происхождение: у башкир имя Янтуган известно с давних пор, а фамилии на -ов/-ева массово закрепились после переписи населения в XIX веке, когда тюркские имена вписывали в русские документы с соответствующим суффиксом.

Морфологически фамилия стоит особняком от более привычных русских окончаний: суффикс -ов здесь не указывает на русское происхождение основы, а лишь оформляет её по стандартам Российской империи. Поэтому Янтуганова — пример того, как тюркское имя «обрусело» на бумаге, сохранив при этом исконное звучание и смысл.

Необычность фамилии ещё и в том, что она почти не имеет однокоренных вариантов в других славянских языках. В украинском или белорусском её бы, скорее всего, передали как Янтуганенко или Янтуганович, но в русской традиции закрепилась именно эта форма. Если ваши предки носили эту фамилию, с высокой вероятностью они были башкирами или татарами, жившими на Южном Урале или в Заволжье, а имя Янтуган передавалось в роду как личное, пока не стало наследственным.