Фамилия Янтуганов явно тюркского происхождения, и её разумнее всего начинать разбирать с корня «янтуган». Это сложное имя, которое складывается из двух частей: «ян» (душа) и «туган» (рождённый). В буквальном переводе с татарского или башкирского «янтуган» означает «рождённый душой» или, в более поэтичном осмыслении, «родной», «близкий по духу». Встречается и вариант толкования, где «ян» связывают с обновлением, молодостью, тогда значение смещается к «вновь рождённый», «молодой».

Модель образования фамилии стандартная для тюркских фамилий, попавших в русскую среду: к основе «Янтуган» добавили русский патронимический суффикс «-ов». Это указывает на то, что предок носителя фамилии звался Янтуганом. Само личное имя Янтуган было распространено у татар и башкир, реже встречалось у других тюркских народов Поволжья и Урала. В ономастических работах, например у Гафурова, такие двуосновные имена с компонентом «туган» (рождённый) описываются как типичные для доисламского и раннемусульманского именослова, когда ребёнку давали имя, отражавшее обстоятельства или пожелания.

Географически фамилия Янтуганов чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Эта привязка к Южному Уралу и Приуралью — ключевая подсказка. Предки современных Янтуганов с высокой вероятностью были не дворянами и не крестьянами в классическом русском понимании, а тептярями или башкирами-вотчинниками. В сословной системе Российской империи эти группы занимали пограничное положение: они несли военную или ясачную повинность, но сохраняли общинное самоуправление и земельные права. Фамилия закрепилась за ними в XIX веке, когда начался массовый учёт нерусского населения.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Янтуганов сохраняет прямую связь с дохристианским, домусульманским пластом имён. Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог: Янту́ганов. Если встречается вариант с ударением на последний слог — это чаще всего результат адаптации в русскоязычной среде, где ударение поставили по аналогии с фамилиями на «-ов». Сравнение с однокоренными фамилиями — Янтурин, Туганов — показывает, что корень «ян» (душа) был продуктивным в тюркском именосложении, но сочетание «янтуган» встречается реже, чем, скажем, «янбирде» (душа дала). Это делает фамилию Янтуганов заметной даже в ряду тюркских фамилий.