Фамилия Яштуганов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить случайные созвучия, наиболее вероятным источником оказывается тюркское, скорее всего башкирское или татарское, имя или прозвище, к которому добавился русский патронимический суффикс -ов.

Разберём основу. В фамилии отчётливо выделяется корень «Яштуган» (или «Яштуган»). В тюркских языках есть слово «яш» (молодой, юный) и «туган» (рождённый, родной). Сложенное вместе, «Яштуган» могло означать «младший родич», «молодой родственник» или даже «рождённый молодым» (то есть поздний, долгожданный ребёнок). Такие составные имена (Яш + Туган) характерны для тюркской антропонимии, где вторым компонентом часто выступает «туган» (ср. Айтуган, Кутлутуган).

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с этнонимом. В прошлом у башкир и татар существовали родоплеменные названия, оканчивающиеся на «-туган». Однако надёжных параллелей для «Яштуган» в этом значении нет.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в русской среде в XVI–XIX веках, когда детей записывали по отцу: сын Яштугана — Яштуганов. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, по всей видимости, был крещёным татарином или башкиром, либо жил на территории, где смешивались русское и тюркское население (например, в Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниях).

Географически фамилия Яштуганов сегодня встречается в основном в Башкортостане, Татарстане и Челябинской области, что подтверждает её урало-поволжские корни. В старых ревизских сказках и метрических книгах она почти не фигурирует — это признак либо малочисленности рода, либо позднего (после отмены крепостного права) закрепления фамилии за конкретной ветвью.

Таким образом, с большой долей уверенности можно сказать: фамилия Яштуганов образована от тюркского личного имени Яштуган («молодой родственник» или «рождённый молодым»). Предки носителя были, скорее всего, башкирами или татарами, принявшими православие, и жили на южном Урале или в Прикамье.