Фамилия Яндыганова — вариант женского рода от фамилии Яндыганов, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками. Основа фамилии — личное имя или прозвище Яндыган, которое встречается у башкир, татар и ногайцев. Разбираем имя: в нём просматривается корень «янды» (от тюркского «ян» — сторона, бок, душа) и аффикс «-ган», который в тюркских языках образует причастия или прилагательные. Таким образом, Яндыган могло означать «тот, кто сбоку», «пришлый с другой стороны» или, в переносном смысле, «близкий по духу». Есть и другая версия: в некоторых диалектах «янды» — это «сгоревший» или «опаленный», тогда прозвище могли дать человеку с рыжими волосами или обгоревшей кожей.

Суффикс «-ов» в фамилии — классический русский патронимический формант, который присоединяли к тюркским основам в XVI–XIX веках при крещении и переходе в русское подданство. Фамилия Яндыганов (и её женская форма) характерна для Поволжья и Урала, особенно для Оренбургской области и Башкортостана. В этих регионах фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века, но в общероссийских списках она редкая: не входит даже в первую тысячу по частотности.

Интересная деталь: в отличие от большинства тюркских фамилий на «-ов», у Яндыганова нет «застывшей» формы — в старых документах встречаются варианты Яндыганов и Яндыканов, что говорит о неустойчивом произношении гортанного звука «г/к» в диалектах. В словарях фамилия не описана (её нет ни у Унбегауна, ни у Никонова), поэтому этимология строится на лингвистической реконструкции. Носители фамилии, скорее всего, происходят из служилых татар или башкир, которые в XVII–XVIII веках несли сторожевую службу на юго-восточных рубежах России.