Фамилия Янилкин — одна из тех, что редко встречается за пределами определённых регионов, и её разговорная, почти «домашняя» форма сразу подсказывает: перед нами не книжная, а живая народная модель образования. В основе фамилии лежит имя или прозвище, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Янилкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Янилка.

Самое вероятное исходное слово — краткая форма от крестильного имени Иоанн (в бытовом русском произношении — Иван). Уменьшительные варианты от Ивана в русских говорах многообразны: Ваня, Ванечка, Ванюта, но в некоторых диалектах, особенно в северных и поволжских, появлялись и формы вроде Яня, Янька, Янилка. Фонетическое изменение начального «И» на «Я» — явление нередкое для народной речи: сравните диалектные Яков (из Иаков), Ягор (из Егор, то есть Георгий). Таким образом, Янилка — это ласковое, обиходное прозвище Ивана, а Янилкин — «Иванов сын».

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркскими или финно-угорскими корнями. В языках народов Поволжья (например, в марийском или чувашском) есть основы «ян» (душа, дорогой) и близкие к ним, которые могли дать прозвище Янил. Однако в таком случае фамилия скорее получила бы суффикс -ов или -ев, а не -ин. Модель на -ин характерна для русских фамилий, образованных от слов на -а, -я, поэтому версия с русским уменьшительным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Янилкин тяготеет к центральным и северным областям России, особенно к бывшим территориям Владимирской, Костромской, Нижегородской губерний. Там такие «домашние» формы имён держались дольше, и фамилии от них нередко фиксировались в крестьянской среде. Предки Янилкиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а само прозвище Янилка могло даваться младшему сыну в семье или человеку с мягким, «ласковым» нравом — в отличие от более грубых прозвищ.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Яничев, Янин, Янов — показывает, что Янилкин стоит особняком: суффикс -илк- делает форму более редкой и конкретной. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такие модели описываются как характерные для неофициальных, внутрисемейных прозвищ, которые позже закрепились в качестве родового имени. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, но её носители — живое свидетельство того, как простое деревенское имя могло стать фамилией на века.