Фамилия Яногьян — редкий случай, когда армянское происхождение почти не вызывает споров, но конкретное значение ускользает. Она образована по типичной для армянских фамилий модели: к основе Яног- прибавлен патронимический суффикс -ян, который заменяет древнее окончание -янц («из рода такого-то»). В отличие от русских фамилий, где суффикс указывает на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), армянский -ян закрепляется за целым родом, и фамилия могла передаваться без изменений веками.

Основа Яног- не имеет однозначного толкования в армянском языке. Самая вероятная версия — это вариант имени Ованес (Иоанн, Иван) через диалектное произношение. В армянских говорах, особенно западноармянских, начальное О- могло переходить в Я- (сравните: Ованес и Янес). Имя Ованес, одно из самых распространённых в Армении, дало множество фамилий: Ованесян, Оганян, Джанполадян. Яногьян — один из таких диалектных ответвлений, где корень Яног- мог означать уменьшительную или местную форму имени.

Менее популярная, но возможная версия — связь с арабским или тюркским словом «яны» (новый), которое проникло в армянский язык через исторические контакты. Тогда Яногьян могло означать «пришелец» или «новосёл», но эта гипотеза слабее, так как суффикс -ог в армянских именах чаще указывает на уменьшительность или принадлежность, а не на качество.

Географически фамилия встречается в основном среди армян, переселившихся из Западной Армении (исторические области Васпуракан, Киликия) и среди диаспоры. В России и странах СНГ носители Яногьян редки и обычно сосредоточены в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве — регионах, куда приезжали армяне после геноцида 1915 года.

Исторически предки Яногьян могли быть ремесленниками, торговцами или крестьянами — фамилия не даёт сословных указаний. В отличие от фамилий на -уни или -ц (княжеские), суффикс -ян универсален и встречается у всех слоёв. Единственная зацепка: если верна версия с именем Ованес, то основатель рода мог быть уважаемым человеком, в честь которого назвали потомков, но не обязательно знатным.

Написание фамилии устойчиво: через «Я» в начале и «г» в корне. Встречающиеся варианты Еногьян или Янохян — ошибки переписи или адаптации в русском языке. Фамилия не склоняется по падежам в русском языке, если относится к женщине, и склоняется, если к мужчине (Яногьяну, Яногьяном).