Фамилия Янтудины — редкий случай, когда корень почти не поддаётся однозначной славянской этимологии. Её носители чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале, особенно среди татар и башкир. Основа фамилии — имя Янтудин. Это составное тюркское имя: «ян» (душа) и «тудин» (форма от «тут» — держать, хранить). В буквальном смысле — «хранящий душу» или «берегущий жизнь». Такие имена давали с пожеланием долголетия и благополучия.

Фамилия образована по русской модели: к основе Янтудин добавили типичный суффикс принадлежности -ын (фонетический вариант -ин после твёрдого согласного). В русской традиции фамилии на -ин обычно происходят от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я, но у тюркских имён на согласный суффикс -ин тоже встречается — это калька с русского патронимического образца. Получается: Янтудин + ын = Янтудины, то есть «потомки Янтудина».

Суффикс -ын в этой фамилии не случаен. В говорах северных и восточных областей России, где русские переселенцы активно контактировали с тюрками, фамилии на -ин нередко давали инородцам, адаптируя их имена под русскую грамматику. В официальных документах XIX века можно встретить и вариант Янтудинов — с дополнительным русским суффиксом -ов, что усиливает патронимическое значение: «сын Янтудина».

География фамилии подсказывает, что предки Янтудиных с большой вероятностью были тептярями или башкирами, принявшими православие, либо крещёными татарами. В метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний фамилия встречается среди государственных крестьян и казаков. Никаких дворянских родов с этой фамилией не известно — Янтудины почти всегда были людьми податных сословий.

Спорных версий тут немного. Иногда основу ошибочно связывают с арабским «йанту» (ягода) или с русским «янтарь», но это лингвистически несостоятельно: имя Янтудин — чисто тюркское, с прозрачной внутренней формой. Если искать аналоги, то однокоренные фамилии — Янтуганов, Янтурин — тоже построены на основе «ян» (душа) и указывают на ту же культурную среду.