Фамилия Япеев — редкий случай, когда тюркское имя-прозвище попало в русскую фамильную модель почти без изменений. В основе лежит личное имя Япей (или Йапей), которое восходит к тюркскому корню йап — «делать, строить, мастерить». В переносном смысле так могли назвать умельца, мастера на все руки или деятельного, хлопотливого человека. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Япея».

Фамилия почти наверняка сложилась в среде крещёных татар, башкир или чувашей — в Поволжье и Приуралье. В русской антропонимике она не встречается среди коренных великорусских фамилий, зато её аналоги (Япеев, Япиев) фиксируются в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Интересно, что имя Япей могло быть и прозвищным: в некоторых тюркских диалектах «япа» означало «лепёшка», а «япей» — уменьшительная форма от этого слова. В таком случае фамилия могла закрепиться за пекарем или просто за человеком с круглым лицом.

Морфологически фамилия проста: корень Яп- + -ей (древний тюркский аффикс ласкательности или уменьшительности, ср. Ахметей, Мамлей) + русский патронимический суффикс -ев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Япе́ев.

Спорных версий немного. Иногда пытаются связать Япеева с еврейским именем Иафет (Яфет) — библейским сыном Ноя, — но это натяжка: фонетически форма Япеев не выводится из древнееврейского напрямую, а география фамилии (тюркский ареал) делает такое родство маловероятным.

В документах XIX — начала XX века Япеевы чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано. Сегодня она остаётся малочисленной, но устойчивой: носители живут в основном в Татарстане и Челябинской области.