Фамилия Япончик — редкий случай в русской ономастике, где прозвище, основанное на этнониме, закрепилось в уменьшительно-ласкательной форме. В отличие от стандартных фамилий на -ов/-ев, она образована напрямую от слова «японец» с помощью суффикса -чик. Этот суффикс в русском языке обычно придаёт значение уменьшительности или принадлежности к чему-то (ср. «мальчик», «огурчик»), но в прозвищах он нередко выполнял роль указания на внешность или манеру поведения: Япончиком могли прозвать человека с узким разрезом глаз, смуглой кожей или за привычку носить одежду, напоминающую восточную.

В отличие, скажем, от фамилий Немец или Татарин, которые часто давали за язык или происхождение, форма Япончик почти наверняка указывает не на реальное этническое родство, а на внешнее сходство. В XIX — начале XX века в южных губерниях Российской империи, особенно в Одессе и Бессарабии, слово «япончик» бытовало как бытовое прозвище для смуглых черноволосых людей, которых сравнивали с японцами, хотя те и не были распространены в этих краях. Фамилия могла закрепиться за одним из потомков, получившим такое уличное прозвище.

Интересно, что эта фамилия почти не имеет географического разброса. В отличие от большинства русских фамилий, которые встречаются в десятках регионов, Япончик — явление локальное. Основные очаги — юг Украины (Одесская, Николаевская области) и прилегающие районы России. Это подсказывает, что фамилия возникла не в центральных великорусских губерниях, а в зоне активных этнических контактов и портовой торговли, где внешность человека могла стать главным опознавательным знаком.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия уникальна. Суффикс -чик в русских фамилиях встречается редко и почти всегда в вариантах на -щиков (Барабанщиков) или -чиков (Переплетчиков). Япончик же стоит в чистой, непатронимической форме — без добавления -ов. Это сближает её с украинской традицией прозвищных фамилий (Головань, Кривонос), хотя суффикс -чик — типично русский, а не украинский. Вероятно, фамилия оформилась в среде русскоязычного населения юга, где смешивались разные ономастические традиции.

Споров о происхождении здесь немного: версия с прозвищем по внешности — единственная убедительная. Гипотеза о происхождении от реального японца, попавшего в Россию, маловероятна: японцев в империи было ничтожно мало, и фамилию они получили бы в форме Японов или Японцев, а не Япончик. Формант -чик слишком фамильярен для официальной записи переселенца. Так что перед нами типичное уличное прозвище, ставшее наследственной фамилией.