Фамилия Ярхуткина — редкая и по звучанию необычная. В её основе, скорее всего, лежит прозвище или вариант личного имени, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ярхуткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Ярхутка.

Ключевой элемент — корень «Яр-». В русских говорах и в древнерусском языке «яр» означал «крутой берег, овраг, обрыв». Однако в антропонимике чаще встречается другая линия: слово «ярый» — «горячий, вспыльчивый, ретивый» или «светлый, яркий». Вторая часть «-хут» — самая загадочная. Скорее всего, это результат искажения или народной переработки. Вероятнее всего, перед нами вариант крестильного имени Иаков (в русской традиции — Яков). В народном произношении имя нередко видоизменялось: Яков — Якут — Яхут — Ярхут. Суффикс -ка в прозвищах был уменьшительно-обиходным, так что Ярхутка — это «маленький Ярхут» или «Ярхут по-свойски». Таким образом, фамилия Ярхуткина может восходить к имени Яков.

Есть и менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «яр» (друг, возлюбленный) или с татарским «ярхут» (светлый, ясный). Но для русской фамилии с суффиксом -ин эта гипотеза слабая — такие заимствования обычно давали фамилии на -ов.

Модель образования типична для северных и центральных областей России, где преобладали фамилии на -ин. Носительница фамилии Ярхуткина — женщина, чей предок по мужской линии носил прозвище Ярхутка. Этот предок, вероятно, был крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище либо по имени (Яков), либо по характеру (ярый и горячий). Фамилия очень редкая — встретить её можно точечно, в основном в Поволжье или на Русском Севере, где оседали переселенцы.