Фамилия Ятрукова — женская форма фамилии Ятруков. Её основа, Ятрук, — это неполная, усечённая форма крестильного имени, и это сразу отличает фамилию от множества других, образованных от полных канонических имён. В основе лежит, скорее всего, имя Иоаким (в народном произношении Яким, Якимко, Якимок), которое в некоторых говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, могло дать уменьшительную форму Ятрук. Чередование «к/т» в диалектах не редкость: «Яким» превратилось в «Ятим», а уменьшительный суффикс «-ук» (характерный для украинского и белорусского влияния, а также для южнорусских областей) добавил значение «маленький Яким» или «сын Якима». Таким образом, Ятруков — это «чей?» — сын Ятрука, то есть потомок человека по прозвищу Ятрук.

Суффикс «-ов/-ев» указывает на типичную для центральной России модель фамилии, но сама основа с суффиксом «-ук» выбивается из общерусского стандарта. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили на стыке культур: либо на южных рубежах Московского государства (в нынешних Белгородской, Воронежской, Курской областях), либо в районах, куда переселялись выходцы с Украины (например, на Слобожанщине или в Поволжье). Там форма «Ятрук» как прозвище или патроним была вполне обычной, а при переносе в официальные документы её русифицировали, добавив «-ов».

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — от прозвища, связанного с глаголом «ятрить» (раздражать, дразнить, бередить) или «ятро» (в некоторых диалектах — злоба, досада). В этом случае Ятруком могли назвать человека вспыльчивого, неуживчивого или, наоборот, того, кто любил подкалывать окружающих. Однако эта версия слабее: прозвища от глаголов редко образуются с суффиксами «-ук», и они обычно встречаются в виде «Ятров» или «Ятрыгин», а не «Ятрук».

Фамилия редкая, нечастотная, что само по себе указывает на её узколокальное происхождение. В современных справочниках по русским фамилиям она не фигурирует в списках самых распространённых, а значит, её носители — потомки сравнительно небольшой группы людей, возможно, из одного села или волости. Географически следы фамилии встречаются в документах по Курской и Воронежской губерниям, а также в некоторых записях по Уралу, куда переселенцы уходили в XVIII–XIX веках.