Фамилия Яцухненко — яркий пример того, как украинская словообразовательная модель «нанизывает» суффиксы, создавая фамилию, которая с первого взгляда кажется сложной, но на деле прозрачна. Её основа — крестильное имя Яцун, которое, в свою очередь, является народной формой канонического имени Иоанн (в украинском произношении — Іван). Уменьшительно-ласкательный суффикс -ун (Яц-ун) превращает полное имя в домашнее прозвище, а фамильный суффикс -енко, типичный для центральных и левобережных регионов Украины, добавляет значение «потомок» или «маленький». Таким образом, Яцухненко — это «сын Яцуна», а в более широком смысле — «внук Ивана».

Вторая особенность этой фамилии — редкий вставной элемент -хн-. В украинской ономастике суффикс -хн- иногда появляется в фамилиях как экспрессивный или модифицирующий компонент, добавляющий оттенок уменьшительности или принадлежности к определённой местной традиции. Чаще встречаются фамилии Яценко, Яцуненко или просто Яцук, а форма Яцухненко — более редкая, что указывает на возможное происхождение из узкого ареала, где такой способ словообразования был в ходу.

Географически фамилия тяготеет к юго-востоку Украины. Согласно современным данным, наибольшая концентрация носителей наблюдается в Запорожской и Днепропетровской областях, что косвенно подтверждает её связь с казацкими землями. В Российской империи после реформ Екатерины II носители такой фамилии могли быть государственными крестьянами или казаками, а не крепостными — в Новороссии, куда активно переселялись люди с Правобережья, сословные границы были более размыты.

Что касается значения исходного имени: Иван (Иоанн) в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Но для предка-носителя фамилии это была не богословская истина, а бытовое имя, которое в украинской среде давало множество производных. Яцухненко — не просто «сын Ивана», а «сын того, кого дома звали Яцун». Такая цепочка превращений — характерный признак живой народной этимологии, где имя не застывает, а обрастает новыми формами, передаваясь по наследству вместе с фамилией.