Фамилия Яцымирская — женская форма, образованная от мужской Яцымирский. В русской ономастике фамилии на -ский/-цкий традиционно указывают на географическое происхождение: их носителями становились выходцы из местности, села или усадьбы с похожим названием. В основе фамилии лежит топоним, скорее всего, Яцымир или Яцымирь. Такое название могло быть у села или хутора на территории современной Украины, Беларуси или западных областей России, где встречаются похожие топонимы с корнем Яц- (от имени Яцко — украинской формы имени Яков) и второй частью -мир (от древнерусского «миръ» — мир, покой, община). Таким образом, исходное название означало «Яцков мир» или «мир Яцка» — владение или поселение человека по имени Яцко.

Мужская форма Яцымирский появилась, когда человек, переселившись из родного места в другое, получал прозвание по прежнему месту жительства: «из Яцымира». Такая модель была особенно распространена среди шляхты и духовенства в Речи Посполитой и Российской империи в XVI–XIX веках. Фамилия не относится к древним боярским родам, но могла принадлежать мелкой служилой шляхте, однодворцам или священникам. Встречается также вариант написания с одной «с» — Яцимирская, что связано с особенностями произношения и записи в метрических книгах.

Приставка Яц- в основе — уменьшительная форма от канонического имени Иаков, которое в украинской и белорусской традиции дало множество производных: Яцко, Яцута, Яцына, Яценко. Фамилия Яцымирский — редкий пример, где это имя соединилось с топонимическим суффиксом -мир, что отличает её от более частых Яценко или Яцук. Встречается преимущественно в Волынской, Киевской и Гродненской губерниях по данным переписей XIX века, а также среди потомков переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток.