Фамилия Яунзен — редкий для России случай балтийско-немецкого происхождения, не получивший славянской обработки. Её основа — немецкое прилагательное «jaun» (молодой), а суффикс «-зен» — это русифицированная передача немецкого патронимического суффикса «-sen» (сын). В буквальном переводе фамилия означает «сын молодого» или «младший», что в немецкой традиции часто указывало либо на возраст носителя (младший родственник), либо на прозвище предка — Молодой (der Junge).

В Российской империи фамилии на «-зен» были характерны для остзейских немцев (современные Латвия и Эстония), а также для немецких колонистов Поволжья. Яунзен могла появиться у потомков переселенцев из Курляндии или Лифляндии, где немецкое дворянство и бюргерство активно оформляли фамилии по северогерманской модели (как у Андерсена или Эриксена). Примечательно, что в немецком языке исходная форма могла писаться как Jaunsen или Jauensen, но в русских документах XIX века буква «е» в суффиксе закрепилась под влиянием церковнославянского произношения.

Словообразовательная модель фамилии необычна тем, что в ней отсутствует типичный для России суффикс принадлежности (-ов, -ин). Это говорит о том, что носители Яунзен долгое время сохраняли обособленность — либо как немецкие колонисты, либо как обрусевшие дворяне, не менявшие фамилию по местному образцу. Встречаются варианты написания с одной «н» — Яузен, но это описка или сознательное упрощение при паспортизации в советское время.

О социальном статусе предков можно судить по географии: если фамилия фиксируется в Прибалтике — вероятнее дворянское или пасторское происхождение (среди немецких лютеранских священников такие патронимы были обычны). Если же в Поволжье — скорее колонисты-земледельцы или ремесленники. Точная сословная привязка требует обращения к конкретным метрическим книгам, но в обоих случаях Яунзен — маркер немецкой диаспоры, ассимилировавшейся в России к XX веку.