Фамилия Явысенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово вытеснять более ранние формы на -ович/-евич. Суффикс -енко изначально указывал на «малого», «сына» или «ученика»: Явысенко — это буквально «маленький Явыс» или «сын Явыса». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто застывали в форме притяжательного прилагательного, украинские фамилии на -енко дольше сохраняли ощущение родства, хотя со временем тоже превратились в наследственные.

Самая сложная часть — основа. Имя или прозвище Явыс не встречается в святцах и не входит в список распространённых древнерусских имён. Вероятнее всего, это усечённая или диалектная форма какого-то полного имени. Можно предположить, что в основе лежит крестильное имя Яв (редкая форма от Иаков или Яков, где «в» появилось под влиянием западных говоров) с прибавлением суффикса -ыс, который в украинской народной традиции мог служить для образования уменьшительных или пренебрежительных форм. Другая версия — связь с глаголом «явити» (явить, показать). В таком случае Явыс могло быть прозвищем человека, который что-то обнаружил, указал или «явился» в неожиданном месте. Менее вероятно, но не исключено, что это вариант фамилии Явисенко, где корень восходит к имени Явис (от литовского или польского имени).

Географически фамилия тяготеет к восточным и центральным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черниговщине — регионам, где фамилии на -енко составляют большинство. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия чаще всего фиксировалась у казаков и мещан, но не у крепостных крестьян, что косвенно указывает на более свободное сословное происхождение предков.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна тем, что в ней сохранился редкий суффикс -ыс, который в украинской антропонимии почти исчез, уступив место более продуктивным -ик, -ок, -ко. Поэтому Явысенко — не просто рядовая фамилия на -енко, а ценный для лингвиста пример того, как в основе могло закрепиться прозвище, образованное по архаичной модели.