Фамилия Яйлоханов — один из тех редких случаев, когда основа почти наверняка тюркская, а суффикс — русский, но точное значение исходного слова вызывает споры. Словообразовательная модель прозрачна: к основе «Яйлохан» добавлен типичный русский патронимический суффикс -ов, который в XVI–XIX веках «обрусел» и закрепил фамилию за потомками. Сама же основа — сложное имя (или прозвище), состоящее из двух частей: «Яйло» и «хан».

Первая часть, «яйло», восходит к тюркскому «яйла»/«жайлау» — летнее пастбище, высокогорное пастбище, куда кочевники отгоняли скот. Вторая часть, «хан», — титул правителя или военачальника, но в составе личных имён у тюркских народов (татар, башкир, казахов, ногайцев) он часто терял властный смысл и служил компонентом, означающим «господин», «повелитель» или просто усилительным элементом (например, Булат-хан, Темир-хан). Таким образом, Яйлохан могло быть составным именем: «Хан летнего пастбища» или «Владыка яйлы».

Вероятнее, однако, что «Яйлохан» — это не титул, а прозвище, данное человеку, который владел хорошими летними пастбищами, был их хозяином или, наоборот, родился в кочевье в сезон перегона скота на яйлу. В тюркской ономастике такие «географические» прозвища с элементом «хан» не редкость: они указывали на место, а не на социальный статус.

По географии бытования фамилия Яйлоханов встречается в основном среди народов Северного Кавказа (кумыки, ногайцы) и в Поволжье (татары, башкиры). Именно в этих регионах слово «яйла» было в ходу, а «хан» как часть имени сохранялся вплоть до XIX века. Сословно предки Яйлохановых, скорее всего, относились к свободным скотоводам или мелким землевладельцам, а не к высшей знати: составное имя с «ханом» в народной среде часто давали не как титул, а как пожелание благополучия или как прозвище по занятию.

Редкость фамилии объясняется тем, что основа «Яйлохан» не превратилась в массовое имя, а осталась локальным прозвищем, которое закрепилось за одним родом. Встречаются варианты написания Яйлоханов и Яйлаханов — с чередованием «о/а» в первом слоге, что связано с диалектным произношением тюркского «яйла».