Фамилия Йордон — это вариант передачи еврейской фамилии Jordon, которая восходит к имени Иордан. Буквально это имя означает «спустившийся». Связь с рекой Иордан, протекающей в Палестине и почитаемой как в иудаизме, так и в христианстве, здесь прямая. В Библии с Иорданом связано несколько ключевых событий: например, переход еврейского народа через расступившиеся воды близ Иерихона, который совершил Иехошуа Бин Нун. Упоминания реки встречаются ещё в египетских папирусах XIII века до нашей эры.

Словообразовательная модель фамилии проста: личное имя Иордан (в русской традиции) или Иордон (в некоторых диалектах) со временем закрепилось как фамилия без дополнительных суффиксов. Это характерно для фамилий, которые не прошли через славянскую модель с -ов/-ев или -ин. Встречаются варианты написания: Йордон, Иордон, Jordon. Географически фамилия редкая, распространена в основном среди еврейских семей, но встречается и у носителей, чьи предки жили на территориях, где библейские имена давали детям вне зависимости от конфессии.

Если рассматривать альтернативную версию, то иногда фамилию Йордон связывают с греческим корнем, означающим «текущий вниз», но это лишь переосмысление того же значения «спустившийся». Более правдоподобным остаётся прямое происхождение от названия реки и библейского имени.