Фамилия Йордан — редкий случай, когда мы точно знаем имя, от которого она образована, и это имя не крестильное, а географическое. В основе лежит река Иордан, но не стоит сразу думать, что предок был паломником или священником. В русской ономастике фамилии, образованные от названий рек и гор, обычно указывают не на путешествие, а на место жительства человека. Предок Йордан, скорее всего, жил на берегу какой-нибудь речки, которую в народе прозвали Иорданом — из-за крещенских традиций, когда в проруби освящали воду, или просто в шутку. Таких «домашних» Иорданов в России было немало: так называли омуты, ключи или ручьи, где совершали водосвятие.

Модель образования проста: фамилия бессуффиксная, то есть её «заморозили» в виде чистого географического названия. Это характерно для поздних фамилий выходцев из духовного сословия, а также для украинских и белорусских земель, где фамилии часто давали без добавления -ов или -ин. Сравните с фамилиями Рим, Волга, Дунай — они тоже нередко встречаются в юго-западных губерниях. Однако в случае Йордан есть и вторая, более прозаичная версия: фамилия могла быть семинарской. В духовных училищах ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии по библейской географии — Елеонский, Иорданский, Синайский. Но Йордан без суффикса — это скорее народная, а не книжная форма.

Суффикса -ов или -ев здесь нет, поэтому фамилия не склоняется как типичная русская, что сразу выдает её нерусское или позднее происхождение. Встречается она крайне редко, в основном у потомков крестьян западных губерний (Витебская, Могилёвская) и у обрусевших немцев-колонистов, которые могли получить такую фамилию при записи в метрики по названию реки в родных местах. В любом случае, носитель фамилии Йордан — потомок человека, которого окружающие прочно связали с водой, либо с реальным водоёмом, либо с церковным обрядом.

Если смотреть на словообразовательную логику, то фамилия стоит особняком от более частых Йордановых и Йорданских. Отсутствие суффикса — признак того, что фамилия закрепилась в устной речи раньше, чем её записал писарь. Это не «сын Иордана», а просто «человек с Иордана». Такие бессуффиксные фамилии в русском языке — реликты старой модели именования по месту, которая позже почти полностью вытеснилась формами на -ский. Поэтому Йордан — ценный для историка языка пример, как библейское название прижилось в деревенском быту и стало родовым прозвищем.