Фамилия Юдусов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ов, который указывает на отчество или принадлежность: «чей?» — Юдусов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Юдус. Основа фамилии — Юдус, и здесь начинается главная загадка.

Самая вероятная версия связывает Юдуса с крестильным именем Иуда, точнее, с его просторечной, народной формой. В русской традиции имя Иуда, несмотря на библейскую окраску (Иуда Искариот), всё же употреблялось, особенно в крестьянской среде, но чаще в уменьшительных вариантах — Юдка, Юда. Форма Юдус могла возникнуть как производное с суффиксом -ус, который иногда придавал имени «латинский» или «книжный» оттенок (сравните: Варфоломей — Варфоломус, Фома — Фомус). Такие формы встречались в среде духовенства или в семьях, где ценилась грамотность, но не исключено и чисто народное словотворчество. Таким образом, Юдусов — это потомок Юдуса, а Юдус — это Иуда в неканоническом, бытовом звучании.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях слово «юдус» или близкие к нему варианты означают «звезда» (ср. татарское «йолдыз»). Однако для русского фамильного суффикса -ов такое заимствование маловероятно: в тюркских фамилиях обычно используются суффиксы -ов/-ев уже в русской адаптации, но основа «Юдус» в татарской среде не зафиксирована как распространённое имя или прозвище. Поэтому версия с Иудой выглядит убедительнее.

Географически фамилия Юдусов встречается крайне редко, в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает её русское, а не тюркское происхождение. Носители фамилии, вероятно, были крестьянами или мещанами, а не дворянами — фамилия не попала в родословные книги. Необычный суффикс -ус в основе делает её запоминающейся и выделяет из ряда стандартных отчеств на -ов.