Фамилия Юхина — одна из тех, где окончание -а не сразу подскажет, мужская она или женская. В современном употреблении это женская форма, а мужская — Юхин. Но в истории, особенно в документах XVI–XVII веков, форма Юхина могла фиксироваться и как прозвище или именование мужчины, пока окончание фамилии не устоялось.

Основа фамилии — простое и древнее имя Юха, Юхно. Это народные, обиходные формы канонического имени Иоанн (в русском быту — Иван). Механизм сокращения типичен: от Иван отсекли начало, оставив корень, и добавили суффикс субъективной оценки -х- (как в именах Яша, Паша, Гриша). Получилось Юха, Юхно — ласковое или обиходное прозвище для Ивана. В белорусском и украинском языках такие формы особенно распространены, поэтому географически фамилия Юхин (и Юхина) чаще встречается в западных и юго-западных регионах России, а также среди потомков выходцев из Малороссии и Беларуси.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Юхин, то есть сын Юхи. Это типичная модель русских фамилий от прозвищ и нецерковных имён. Более редкая, но возможная версия — связь с глаголом «юхать» (в диалектах — кричать, аукать, или, по Далю, «чуять, слышать»). В этом случае Юха — прозвище крикливого человека или, наоборот, обладателя тонкого слуха. Однако вторая версия уступает первой по распространённости: подавляющее большинство фамилий на -ин образовано именно от личных имён, а не от глагольных основ.

Особенность фамилии — её «двойная» природа: она может восходить как к полному имени Иван через цепочку сокращений, так и к диалектному прозвищу. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с именем Юхно, Юшка — это не фамилия, а ещё личное имя. Фамилия Юхин закрепилась позже, когда отчества и прозвища стали наследственными.

Таким образом, предки носителей фамилии Юхина — скорее всего, люди, которых в быту звали Юхой: либо Иваны в уменьшительной форме, либо обладатели характерного голоса или манеры поведения. Сословного барьера у фамилии нет: Юхиными могли быть и крестьяне, и мещане, и духовенство.