Фамилия Юхонанов — редкая и непрозрачная на первый взгляд. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать её по составу и заглянуть в старые русские говоры.

Основа фамилии — Юхонан. Это не календарное имя, а скорее всего, производная форма от крестильного имени. Вероятнее всего, в основе лежит имя Иоанн (Иван). В северных и центральных русских говорах имя Иван через ряд промежуточных форм (Иван → Ивон → Ивоня → Юхоня) могло превратиться в Юхон. Суффикс -ан (Юхон + ан) типичен для русских прозвищ и неканонических имён: он придавал оттенок просторечности, уменьшительности или принадлежности. Таким образом, Юхонан — это человек, которого в быту звали Юхоном, то есть по-свойски «Иваном». Суффикс -ов в конце указывает на принадлежность: «чей?» — Юхонанов, то есть сын Юхонана.

Можно рассмотреть и другую версию, хотя она менее вероятна. В некоторых диалектах слово «юхон» могло означать что-то тонкое, жидкое (от «юха» — уха, похлёбка). Но в таком случае прозвище Юхонан получил бы повар или любитель жидкой пищи. Однако, учитывая, что подавляющее большинство русских фамилий образовано от имён, версия с производным от Иоанна выглядит убедительнее.

Фамилия явно недворянская и не относится к искусственным семинарским фамилиям (которые обычно заканчиваются на -ский). Юхонановы — это потомки крестьян или посадских людей, скорее всего, из северных или центральных губерний России, где диалектная форма Юхон была в ходу. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает её народное, а не книжное происхождение.

В написании фамилии важно не путать её с похожей, но другой фамилией Юхнов (от названия города Юхнов) или Юхнин (от финно-угорского имени Юхно). Юхонанов — более длинная, «цепочная» форма, что говорит о том, что прозвище закрепилось именно в третьем поколении: дед был Юхон, отец стал Юхонан, а внук уже Юхонанов.