Фамилия Юкшинский — классический пример фамилии, образованной по географическому принципу с помощью суффикса -ский. Это указывает на то, что её основатель, скорее всего, получил прозвание по названию места, откуда был родом или где владел землёй. В среде русского дворянства и духовенства такие фамилии были особенно распространены в XVII–XIX веках.

Корень «Юкш-» отсылает к топониму. Наиболее вероятная версия — связь с рекой Юкша или населённым пунктом с похожим названием. В России известна река Юкша в бассейне Ветлуги (Костромская область) и несколько деревень с названием Юкша, Юкшово или Юкшино, разбросанных от Вологодчины до Сибири. Первичное значение гидронима, скорее всего, финно-угорское: в коми и марийских языках «ю» — река, а «кс» или «кш» может означать каменистое дно или порог. Таким образом, Юкша — «каменистая река» или «река с перекатами».

Суффикс -инск- в фамилии Юкшинский — редкий вариант. Обычно от названий на -ино, -иха образовывали фамилии на -инский, но здесь мы видим двойной суффикс: -ин- + -ск-. Это могло возникнуть как вариант фамилии Юкшин (от прозвища или отчества), к которому позже добавили дворянский суффикс -ский для придания «благородного» звучания. Либо это прямой топонимический вариант от названия «Юкшино» — «человек из Юкшина».

В отличие от большинства фамилий на -ский, которые часто носили священники или мелкопоместные дворяне, Юкшинский могла принадлежать и крестьянам, переселившимся из деревни Юкшино в другую местность. В документах XIX века фамилия встречается в Вятской и Пермской губерниях — регионах активного расселения выходцев с Русского Севера, где и находятся вероятные «именующие» топонимы.

Есть и альтернативная, менее распространённая версия: происхождение от личного имени Юкша — уменьшительной формы от канонического имени Евдоким (через народное «Окша» → «Юкша»). В этом случае Юкшинский означало бы «сын Юкши», но такая модель (личное имя + -ский) для русских фамилий нетипична и встречается в основном у поляков. Поэтому топонимическая версия надёжнее.