Фамилия Юнченков образована от имени или прозвища Юнченко, которое, в свою очередь, восходит к крестильному имени Иоанн. В русском языке это имя дало множество производных форм: Иван, Ваня, Иваш, а в южнорусских и украинских говорах — Юн, Юнь, Юнка. Причина в том, что начальное «и» в некоторых диалектах переходило в «йу» (ср. Иван — Юван, Илья — Юлья). Так появилось имя Юн, а от него — уменьшительное Юнченко («маленький Юн»).

Суффикс -ов в фамилии указывает на её русское происхождение и модель «чей?»: Юнченков — сын Юнченко. Такая двойная суффиксация (сначала уменьшительный -енк-/-онк-, потом притяжательный -ов) типична для фамилий, возникших на стыке украинской и русской традиций. Носитель фамилии Юнченков — это, скорее всего, потомок человека, которого в малороссийской среде звали Юнченко, а при переселении в великорусские земли или при оформлении документов фамилию русифицировали, добавив окончание -ов.

Географически фамилия тяготеет к югу России и бывшим украинским территориям. Её можно встретить в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также среди потомков переселенцев на Дон и Кубань. В отличие от фамилий на -ин (Юнченкин), форма Юнченков встречается реже и указывает на более позднюю фиксацию, когда модель на -ов уже стала доминирующей в официальном делопроизводстве.

Редкость фамилии в том, что она сохранила диалектную форму имени, почти исчезнувшую из современного русского языка. Если бы предка звали Иваном, фамилия была бы Иванов или Иванченков. А Юнченков — живое свидетельство того, как местное произношение и словообразовательные привычки закрепились в родовом имени.