Фамилия Юнден — редкий случай, где географический корень, скорее всего, перевешивает антропонимический. С высокой вероятностью, её основа — не славянская, а немецкая или скандинавская, и связана она не с личным именем, а с местом.

Первое, что бросается в глаза: фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Окончание -ен характерно для немецких фамилий (например, Юнген, Линден) и указывает либо на форму родительного падежа множественного числа («из рода таких-то»), либо на топонимическое происхождение. В данном случае логичнее всего видеть в основе слово «Jund» или «Jundt» — старый немецкий вариант написания слова «Jung» (молодой). Тогда Юнден — это «из молодых» или «потомок Молодого», что полностью аналогично распространённой немецкой фамилии Юнг.

Однако есть и вторая версия, более конкретная. Фамилия могла образоваться от названия населённого пункта. В Германии и Австрии встречаются топонимы вроде Юнден (Junden) или Юндинген (Jundingen). Переселенцы, покинувшие такую деревню, часто получали прозвище по месту прежнего жительства — «Юнденец», которое со временем закрепилось как фамилия. Эта версия правдоподобнее, потому что объясняет окончание -ен как указание на «выходца оттуда».

На территорию Российской империи фамилия могла попасть двумя путями. Первый — через балтийских немцев, которых в XVIII–XIX веках приглашали на службу в Прибалтику и Петербург. Второй — через немецких колонистов, основавших поселения в Поволжье и на юге Украины. В этих общинах фамилия Юнден (встречается также в форме Юндт) фиксируется в метрических книгах лютеранских приходов.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна для русского ономастикона: она не вписана в патронимическую модель на -ов/-ев, поэтому носители в России часто сталкивались с проблемой склонения. В русском языке фамилию лучше склонять как существительное мужского рода (Юндена, Юндену), хотя в быту её нередко оставляют неизменной.

Если искать аналоги, то ближайшая однокоренная фамилия — Юнге. Но Юнден — более редкая и локальная форма, почти не встречающаяся за пределами потомков немецких переселенцев. В современной России она остаётся малочисленной, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: почти все Юндены в стране — выходцы из одной или двух семейных ветвей, связанных с немецкими колониями.