Фамилия Юндер — редкая для русского уха, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Первое, что бросается в глаза, — отсутствие типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это прямой признак того, что фамилия либо поздняя по времени фиксации, либо пришла из другого языка и сохранила исходную форму.

Скорее всего, основа фамилии — немецкая или тюркская. В немецком языке слово «Jung» (юнг) означает «молодой». Фамилия Юндер могла возникнуть как вариант фамилии Юнгер (Jünger) — «младший», «ученик», «подмастерье». В таком случае предок носителя фамилии был либо младшим сыном в семье (чтобы отличать его от старшего), либо учеником ремесленника. Переход «Юнгер» в «Юндер» возможен при устной передаче в русскоязычной среде, где звук «нг» нередко упрощается.

Вторая версия — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «юн» (йүн) имеет значение «толк», «порядок», «лад», а также «хороший», «добрый». Суффикс «-дер» в тюркских языках часто образует имена деятеля или прилагательные. Таким образом, «Юндер» могло означать «толковый», «дельный» человек, или же прозвище человека, который наводит порядок. Эта версия правдоподобна для Поволжья, Урала или Сибири, где сильно татарское и башкирское влияние.

Географически фамилия Юндер встречается в России крайне рассеянно, без явного гнезда. Её можно найти среди немцев Поволжья, а также у татар и башкир. В немецкой среде фамилия чаще писалась бы как Junder или Junger, а в тюркской — как Юндер или Йундер.

С точки зрения словообразования, фамилия осталась «голой» — без суффикса принадлежности. Это значит, что её зафиксировали в документах уже в том виде, в каком её произносили, не переделывая на русский лад. Такое часто случалось в XIX веке с фамилиями иностранцев или крещёных инородцев.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно вспомнить разве что Юнгов или Юнгеров, но они, как правило, сохраняют немецкое «г» на конце. Юндер стоит особняком — и именно эта «неправильность», непохожесть на стандартные русские фамилии, и есть её главная особенность.