Оно восходит к германскому словосочетанию junc herre, которое означает «юный господин, молодой дворянин». В Средние века так называли челнов дворянского сословия, которые еще не приняли обед рыцарства. Таким образом, именование Юнкер указывает на социальный статус его обладателя. Среди известных однофамильцев можно назвать российского географа и путешественника Василия Васильевича Юнкера (нем. Wilhelm Junker), а также Жан-Клода Юнкера, люксембургского политического деятеля.