Фамилия Юнкерова — женская форма фамилии Юнкеров, и её происхождение тесно связано с социальной историей России. Основа здесь не имя и не географическое название, а чин или сословная принадлежность. «Юнкер» — слово немецкого происхождения (Junker), которое в Российской империи имело два основных значения: во-первых, воспитанник военного училища (до реформы 1860-х годов — вольноопределяющийся, готовящийся к офицерскому званию), а во-вторых, в Прибалтике — название мелкопоместного дворянина. Таким образом, прозвище Юнкер могли дать либо кадету, либо сыну обедневшего остзейского барона, либо просто человеку, который носил форму юнкера или служил при училище.

Модель образования типична для русских фамилий XIX века: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, указывая на принадлежность. Юнкеров — буквально «сын юнкера» или «человек, относящийся к юнкеру». В данном случае суффикс не столько патронимический, сколько «владельческий»: так могли назвать крестьянина, жившего на земле помещика-юнкера, или дворового, приписанного к усадьбе «юнкера». Важно, что фамилия не обязательно дворянская — скорее наоборот: если бы носитель был из дворян, его бы чаще записывали как Юнкер (без суффикса) или по немецкому образцу. Форма на -ов указывает на обрусение прозвища и, вероятно, на непривилегированное происхождение.

Географически фамилия редкая, но встречается в основном в регионах, где стояли военные училища или где были немецкие колонии: в Санкт-Петербургской губернии, на юге России (Новочеркасск, Одесса), а также в Прибалтике. Встречается вариант Юнкерова с ударением на первый слог, что ближе к немецкому произношению, и на второй — под влиянием русского ударения в слове «юнкер».

Сравните с однокоренными фамилиями: Юнкер (без суффикса — чаще у остзейских немцев), Юнкерский (указывает на принадлежность к училищу), Юнкерман (прямая немецкая форма). Вариант Юнкерова — один из самых «русских» в этом ряду: он показывает, как немецкое по корню слово адаптировалось в крестьянской или мещанской среде, где фамилию давали не по личному имени, а по социальному статусу отца или хозяина.