Фамилия Йундук — редкий случай в русском ономастиконе, и первое, что бросается в глаза, это её нетипичное начало на «йо». В исконно русских фамилиях такой приставки почти не бывает, и это сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, которая пришла из тюркских языков, где звук «й» в начале слова встречается часто.

Разбираем основу. Слово «йундук» или близкое к нему «юндук» в тюркских наречиях может иметь несколько значений. Самое вероятное — «йун» (шерсть) плюс уменьшительный суффикс «-дук». Получается «шерстяной» или «тот, кто связан с шерстью». Это могло быть прозвище человека, который занимался обработкой шерсти, валянием войлока или торговлей шерстью. Вторая версия, менее распространённая, связывает корень с «йундук» как названием какого-то растения или географического объекта, но она слабее, так как не даёт понятной социальной характеристики предка.

Фамилия образована по русской модели — без суффикса, простым переносом прозвища в фамилию. Такое часто случалось с нерусскими фамилиями на территориях, где русское население соседствовало с тюркским: в Поволжье, на Урале, в Сибири или в южных степях. Носитель фамилии Йундук, вероятно, был выходцем из татарской, башкирской или ногайской среды, а позже его потомки обрусели, сохранив исходное звучание. Встречаются варианты написания «Юндук» или «Ендук», где начальная буква меняется под влиянием русского произношения, но именно форма с «Й» лучше всего передаёт исходный тюркский звук.

Если искать аналоги в русских фамилиях, то по модели образования Йундук близок к фамилиям типа Табак, Сарай или Кумыс — все они образованы от нарицательных тюркских слов без дополнительных русских суффиксов. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в письменных источниках относительно поздно, когда прозвище уже воспринималось как фамильное имя. Географически такие фамилии чаще всего встречаются в Оренбургской, Астраханской областях или в Башкортостане, но точных данных о распространённости именно Йундук нет — фамилия настолько редкая, что может быть фактически локальной, существующей в одной-двух семьях.