Фамилия Юндунова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основа здесь — тюркское слово «юндун» или «йондун», которое в ряде диалектов означало «долгопрудный», «с длинным прудом» или относилось к названию конкретного урочища. Скорее всего, прозвище Юндун дали человеку, жившему у вытянутого озера или болота, либо выходцу из местности с таким названием. Суффикс -ов- в женской форме Юндунова указывает на стандартную русскую модель образования от отчества или прозвища отца: Юндун → сын Юндунов → жена Юндунова.

Самая плотная зона бытования фамилии — Башкортостан и прилегающие районы Челябинской области. Это не случайно: башкирский и татарский языки сохранили слово «йондоҙ» (звезда), но фонетика «юндун» ближе к диалектным вариантам, обозначающим именно водный объект. Версия о происхождении от «юндун» как «звездный» менее убедительна: в тюркских языках для звезды чаще используют «йолдыз» или «йылдыз», а переход в «юндун» потребовал бы слишком сильного искажения.

Встречается и вариант написания Юндунова с ударением на второй слог, что типично для фамилий, образованных от тюркских основ, где ударение в исходном слове падало на последний слог. Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего числились государственными крестьянами или тептярями — особым сословием в Приуралье, сочетавшим черты крестьян и военных поселенцев. Фамилия не дворянская и не купеческая, что подтверждает её «географическое» происхождение: предки получили прозвище по месту жительства, а не по роду занятий.

Встречаются единичные случаи, когда Юндуновыми записывали русских переселенцев, перенявших местное прозвище от соседей-башкир, но это скорее исключение. Основной массив носителей — потомки тюркоязычного населения, перешедшие на русскую фамильную модель.