Фамилия Юнусалиев образована по характерной для тюркских народов модели: к личному имени Юнусали добавлен русский патронимический суффикс -ев. Этот суффикс, по сути, заменил тюркские окончания типа -улы, -оглы, которые означают «сын такого-то». В Российской империи при переписях и паспортизации многие тюркские фамилии русифицировали, добавляя -ов/-ев, что и произошло с Юнусалиевым.

Само имя Юнусали — это сложносоставное мусульманское имя, в котором соединились две основы. Первая часть — Юнус — арабский вариант библейского имени Иона (пророк Юнус в исламе). Вторая часть — Али — одно из ключевых имён в исламе, принадлежавшее халифу Али, двоюродному брату и зятю пророка Мухаммеда. Таким образом, имя Юнусали можно перевести как «Али, равный пророку Юнусу» или «слуга (или последователь) пророка Юнуса и Али». Однако в бытовой традиции такие сдвоенные имена часто давали в честь двух уважаемых предков или святых, соединяя их имена в одно.

Типичный регион бытования фамилии — Средняя Азия, особенно Узбекистан, Таджикистан и Кыргызстан. Встречается она и среди тех народов России, которые исторически связаны с этим регионом, например, у татар и башкир, но реже. Носители фамилии — потомки человека по имени Юнусали, который жил, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда фамилии в этих краях только закреплялись. Сословно это могли быть как крестьяне-земледельцы, так и ремесленники или торговцы, никакой однозначной привязки к знатному роду нет — имя Юнусали было распространено в самых разных слоях.

Интересная деталь: в отличие от большинства русских фамилий на -ев, где основа обычно заканчивается на согласный или -й (Иванов, Андреев), здесь суффикс добавлен к основе на -и. Такое возможно, если конечный звук в исходном имени воспринимался как твёрдый, что типично для тюркского произношения. Если бы имя склонялось по русскому образцу, мы бы получили форму Юнусальев (с мягким знаком), но запись зафиксировала именно твёрдый вариант, что и отличает Юнусалиева от, скажем, фамилии Васильев.