Фамилия Юнусбакиев — яркий пример тюркско-мусульманской ономастики, попавшей в русский обиход через татарскую или башкирскую среду. Её основа — сложное арабское имя Юнусбаки, где первая часть, Юнус, — это коранический пророк Иона (в русской традиции — Иона). Вторая часть, Баки, восходит к арабскому «баки» — «вечный», «бессмертный», одному из эпитетов Аллаха. Вместе имя-композит можно перевести как «вечный Юнус» или «Юнус, пребывающий в вечности», что отражает традицию давать детям имена, содержащие сакральный смысл и пожелание долгой жизни.

Модель образования фамилии — русский суффикс -ев, добавленный к тюркскому имени. Окончание -ев (а не -ов) вызвано фонетикой: после мягкого согласного «и» в русском языке пишется «е». В татарской и башкирской среде такие фамилии часто фиксировались в XIX — начале XX века, когда крестьяне и горожане получали фамилии по имени отца. Таким образом, Юнусбакиев буквально означает «сын Юнусбаки» или «потомок Юнусбаки».

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она редко, что указывает на локальный характер родового гнезда. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии, скорее всего, числились среди государственных крестьян или тептярей — сословия, сочетавшего земледелие с военной службой.

Особенность фамилии — её «говорящая» структура, сразу выдающая вероисповедание и культурный код предков. В отличие от фамилий, образованных от чисто тюркских имён (например, Бакиров), здесь сплав арабского ономастикона с тюркской традицией имяобразования. Встречаются варианты написания: Юнусбакиев и, реже, Юнус-Бакиев, что может указывать на разное восприятие имени как единого или составного.