Фамилия Юнусходжаева — редкий для России пример восточной патронимической модели, где в основе лежит не просто имя, а целая именная конструкция, характерная для тюрко-персидского мира. Она образована от мужского имени Юнусходжа, которое, в свою очередь, составное. Первая часть — Юнус — это арабская форма имени библейского и коранического пророка Ионы (Юнуса). Вторая часть — Ходжа (от персидского خواجه, хадже) — почётный титул, означающий «господин», «хозяин», «наставник» или «человек, совершивший хадж». Таким образом, имя Юнусходжа дословно можно перевести как «господин Юнус» или «пророк Юнус как господин», что подчёркивало уважение к носителю и его религиозную или социальную значимость.

Суффикс «-ева» указывает на женскую форму фамилии. В тюркских языках, в частности узбекском и таджикском, фамилии на «-ев»/«-ова» — это русифицированный вариант, возникший в советское время при выдаче паспортов. Изначально отчество или родовое прозвище звучало бы как Юнусходжаев (сын Юнусходжи). Фамилия Юнусходжаева, следовательно, означает «принадлежащая роду Юнусходжи», и её носительница — дочь или жена человека по имени Юнусходжа.

Географически фамилия почти наверняка ведёт в Среднюю Азию, скорее всего в Узбекистан или Таджикистан, где имена с компонентом «ходжа» широко распространены среди потомков духовных лиц, купцов или просто уважаемых людей. В России эта фамилия встречается крайне редко, в основном у мигрантов из этих регионов или их потомков. С точки зрения словообразования, это типичный случай, когда фамилия «законсервировала» полное имя предка, включая его титул, что делает её не просто генеалогическим маркером, а мини-биографией: предок носителя явно был человеком, заслужившим звание «ходжа» и носившим имя пророка.