Фамилия Юпын — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — Юпа или Юп — не встречается в частотных славянских именах, а значит, корень скорее всего иноязычный или диалектный.

Самый вероятный путь — связь с финно-угорскими языками, распространёнными на севере европейской части России, в Приуралье и Поволжье. В коми, удмуртском и марийском языках есть основа «юп», означающая «река», «водоём» или «заливной луг». Фамилия Юпын могла возникнуть как прозвище человека, жившего у реки или на сырой низине, — своего рода топографическое имя. Суффикс -ын указывает на принадлежность: Юпын буквально «сын (или потомок) Юпы», где Юпа — адаптированное в русском быту прозвище от того же корня.

Менее вероятна, но возможна версия, что Юпын — это вариант фамилии Юпин, образованной от уменьшительной формы имени Юпий (от латинского Юпитер). Однако для крестьянской среды XVIII–XIX веков такое имя — большая редкость, и эта гипотеза слабее.

Географически фамилия тяготеет к северным и северо-восточным регионам: единичные носители встречаются в Архангельской области, Республике Коми и Пермском крае. Это подтверждает финно-угорскую версию: именно в этих местах русские фамилии нередко вбирали местные слова.

Сословной привязки у Юпын нет — её могли носить и государственные крестьяне, и однодворцы. В официальных документах фамилия фиксируется поздно, не раньше середины XIX века, что типично для редких прозвищных фамилий северной периферии.

Если сравнивать с однокоренными, то в ономастических справочниках встречаются фамилии Юпов, Юпкин, Юпин. Юпын стоит особняком из-за суффикса -ын, который в русском языке чаще указывает на принадлежность к одному конкретному лицу, а не роду в целом. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в одной локальной семье и не распространилась широко.