Фамилия Юрдонов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «Юрдон» не встречается в современных словарях личных имён и не имеет прямых соответствий в русской антропонимике. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по составу и привлечь данные ономастики.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Юрдонов, то есть сын или потомок Юрдона). Сложность в том, что имя Юрдон в православных святцах отсутствует. Скорее всего, это неканоническое (мирское) имя или прозвище.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слова, близкие к «юрд» или «йурт» — «родина, стойбище, жилище». Например, в башкирском и татарском «йорт» означает «дом». Фамилия Юрдонов могла возникнуть у человека, которого прозвали по месту жительства или происхождения: «Юрдон» — тот, кто с определённого стойбища, из определённого рода. Возможна и связь с тюркским личным именем Йурт, которое встречается у татар и башкир. Тогда Юрдон — это адаптированная на русской почве форма имени Йурт с добавлением суффикса -он (как в фамилиях Ахметов → Ахметонов, хотя и редко).

Менее вероятна, но не исключена версия от греческого слова «юрд» (в значении «широкий, просторный»), пришедшего через посредничество греческого населения Причерноморья. Однако такая гипотеза не подкреплена массовыми примерами подобных фамилий.

Географически фамилия Юрдонов встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активных русско-тюркских контактов. Это косвенно подтверждает тюркскую версию. Носители фамилии могли быть выходцами из татарских, башкирских или чувашских крестьян, получивших фамилию при переписях.

Таким образом, Юрдоновы — потомки человека по прозвищу или имени Юрдон, которое, скорее всего, означало «домосед», «хозяин» или указывало на привязку к родовому месту. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, сформировавшаяся не ранее XVII века, когда начали массово закрепляться фамилии у нерусских народов и низших сословий.