Фамилия Юсеин, скорее всего, восходит к личному имени Юсуф (Иосиф) в одной из тюркских или кавказских форм. В русском языке имя Иосиф через греческое посредство дало форму Осип, а в тюркских языках (татарском, башкирском, кумыкском) и языках народов Кавказа оно часто звучит как Юсуп, Юсуф, Юсиф. Фамилия Юсеин — это русифицированная запись такого имени, адаптированная под русскую фамильную модель.

Здесь важно обратить внимание на суффикс. Фамилия оканчивается на -ин, что типично для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я (ср. Пушкин, Ильин). Но если бы фамилия была образована от имени Юсеин напрямую (как отчество), она скорее выглядела бы как Юсеинов. Отсутствие суффикса -ов- говорит о том, что основа, скорее всего, воспринималась как оканчивающаяся на согласный, но попала под модель «имя + ин» из-за мягкого звучания. На деле это может указывать на то, что фамилия записана не от полного имени, а от прозвища или обиходной формы, либо фиксация произошла в среде, где суффикс -ин был универсальным.

Географически фамилия Юсеин встречается среди татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа (например, у кумыков или ногайцев). В русских документах XIX века подобные фамилии часто возникали при переписи населения, когда писарь записывал имя главы семьи на слух, отбрасывая «лишние» окончания. Так Юсупов мог превратиться в Юсеина, если носитель в быту звался Юсеем.

Таким образом, ваш предок, скорее всего, был человеком по имени Юсуф (Иосиф) из тюркской или кавказской среды. Фамилия закрепилась в той форме, в которой её услышал и записал русский чиновник или священник. Это не ошибка, а живой след межкультурного контакта.