Фамилия Юшкулис звучит для русского уха необычно, и это не случайно: её происхождение ведёт не в славянскую, а в балтийскую языковую среду. Это литовская или латышская фамилия, что сразу видно по характерному суффиксу -ис (-is), который в литовском языке является окончанием именительного падежа мужского рода. В русском языке такие фамилии обычно склоняются по мужскому роду (Юшкулиса, Юшкулису), а у женщин остаются неизменяемыми.

Основа фамилии — Юшкулис — скорее всего, является производной от личного имени Юшка. В Литве и Латвии имя Юшка (Juška) — это уменьшительно-ласкательная форма от христианского имени Юозас (литовский вариант Иосифа) или от Юргис (Георгий). Таким образом, фамилия Юшкулис буквально означает «сын Юшки» или «маленький Юшка», то есть образована по распространённой в балтийских языках патронимической модели. Суффикс -улис (-ulis) добавляет дополнительный оттенок уменьшительности или принадлежности, что типично для литовских фамилий, образованных от имён.

Географически фамилия Юшкулис наиболее вероятно связана с территорией исторической Жемайтии или Аукштайтии — западной и центральной Литвы, где такие патронимические формы с суффиксами -ulis, -ėnas особенно часты. Встречается она и среди латышских носителей, но там написание могло бы быть Юшкулис (Juškulis) с тем же значением. В России эта фамилия редка и, скорее всего, принадлежит потомкам литовцев или латышей, переселившихся в XIX–XX веках, либо людям, чьи предки жили в приграничных с Литвой районах (Псковская, Смоленская области, Калининград).

Интересная деталь: в литовском языке слово «juška» имеет ещё одно, более прозаическое значение — «крючок» или «завиток». Вряд ли фамилия произошла напрямую от этого предмета, но в некоторых случаях прозвище Юшка мог получить человек с характерной внешностью (например, с крючковатым носом). Однако основная и наиболее правдоподобная версия — именно от имени Юшка, так как в балтийской ономастике патронимы от уменьшительных форм имён — самый массовый источник фамилий.