Фамилия Юшкялис — почти наверняка литовского происхождения, что видно по её финали -ис, характерной для мужских фамилий в Литве. В русском языке такие фамилии обычно не склоняются, а их носители чаще всего встречаются на северо-западе России, в Калининградской области или в регионах, граничащих с Литвой, куда предки могли переселиться в разное время.

Основа фамилии — личное имя Юшкялис, которое, в свою очередь, образовано от уменьшительной формы имени Юшка. Юшка — это литовский или белорусский вариант христианского имени Юрий (Георгий), распространённый в этих краях. Суффикс -ялис в литовской антропонимии выполняет примерно ту же роль, что и русские -ов или -ин: он указывает на принадлежность, то есть Юшкялис буквально означает «сын Юшки» или «потомок Юшки». Такая модель словообразования типична для литовских фамилий, особенно в Жемайтии и на востоке страны.

Если смотреть шире, то фамилия могла возникнуть и от прозвища, связанного с диалектным словом. В литовском языке «juška» в некоторых говорах может означать «болтун» или «пустомеля», но эта версия менее вероятна, так как имя Юрий было чрезвычайно популярно, и именно от него пошли десятки производных форм по всей Литве и Беларуси.

В дореволюционной России носители фамилии Юшкялис, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Дворянские роды с такой фамилией неизвестны, что неудивительно: литовское крестьянство массово получало фамилии именно в XIX веке, после отмены крепостного права. Тогда и закрепилась форма Юшкялис, а не, скажем, Юшкевич или Юшков, которые были бы более характерны для полонизированной или русифицированной среды.

В современной России фамилия редкая, но не уникальная. Если встретите Юшкялиса, можно почти наверняка сказать, что его предки — выходцы из Литвы, сохранившие в фамилии литовский суффикс, а не перешедшие на славянский лад.